打完疫苗后发烧39度，可能是以下原因引起：
1.疫苗不良反应：疫苗作为一种外来抗原，进入人体后可能会引起免疫反应，导致发热。这种发热通常是暂时的，且体温不会太高。如果体温超过38.5℃，可以服用退烧药，如对乙酰氨基酚或布洛芬。同时，要注意休息，多喝水，以帮助缓解症状。
2.感染：接种疫苗后，人体的免疫力可能会暂时下降，此时如果接触到病原体，容易发生感染，如感冒、肺炎等。如果伴有咳嗽、咳痰、流涕等症状，需要考虑感染的可能。可以去医院检查血常规、C反应蛋白等，以明确诊断。如果是感染引起的发热，需要根据病原体选择合适的抗生素或抗病毒药物进行治疗。
3.其他：接种疫苗后，还可能出现一些其他不良反应，如头痛、乏力、肌肉酸痛等。这些症状通常会在1-2天内自行缓解。
需要注意的是，如果体温持续升高或伴有其他严重症状，如呼吸困难、胸闷、抽搐等，应及时就医，以免延误病情。此外，接种疫苗后要注意观察身体状况，如有异常应及时告知接种单位。