打疫苗后发烧39°C且反复，可能是疫苗的不良反应，也可能是其他原因引起的。以下是一些可能的原因：
1.疫苗不良反应：疫苗本身可能引起发热等不良反应，通常在接种后24小时内出现，体温多为中度发热，一般不会超过38.5°C，持续1-2天可自行缓解。如果体温超过38.5°C，或发热持续时间超过3天，或伴有其他不适症状，如头痛、全身不适、乏力、恶心、呕吐、腹泻等，应及时就医。
2.感染：接种疫苗后，人体的免疫力可能暂时下降，容易感染其他病原体，如细菌、病毒等，从而引起发热。如果同时伴有咳嗽、流涕、咽痛等呼吸道症状，或腹痛、腹泻等消化道症状，应考虑感染的可能。
3.其他疾病：接种疫苗前，个体可能已经存在某些疾病，如感冒、扁桃体炎、肺炎等，接种疫苗后，这些疾病的症状可能加重或出现发热。
4.过敏反应：个别情况下，接种疫苗可能引起过敏反应，如过敏性皮疹、过敏性休克等，也可能伴有发热。
5.偶合症：偶合症是指受种者在接种时正处于某种疾病的潜伏期或前驱期，接种后巧合发病。
对于打疫苗后发烧39°C且反复的情况，需要密切观察病情变化，注意休息，多饮水，如果体温持续不下降或出现其他不适症状，应及时就医，进行相关检查，如血常规、C反应蛋白等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。
此外，对于以下特殊人群，需要特别注意：
1.儿童：儿童接种疫苗后，如果出现发热，体温超过38.5°C，或伴有其他不适症状，应及时就医。同时，家长应注意观察儿童的精神状态，如果儿童出现精神萎靡、嗜睡、哭闹不安等情况，应及时就医。
2.孕妇：孕妇接种疫苗后，如果出现发热，应及时就医，并告知医生自己的孕周和孕期情况。医生会根据具体情况进行评估，并给予相应的治疗建议。
3.老年人：老年人接种疫苗后，如果出现发热，应密切观察病情变化，如果体温持续不下降或出现其他不适症状，应及时就医。同时，老年人接种疫苗后，应注意休息，多饮水，避免过度劳累。
4.患有基础疾病的人群：患有基础疾病的人群，如糖尿病、高血压、心脏病等，接种疫苗后，如果出现发热，应及时就医，并告知医生自己的基础疾病情况。医生会根据具体情况进行评估，并给予相应的治疗建议。
总之，接种疫苗后出现发热是一种常见的不良反应，但也可能是其他原因引起的。如果体温超过38.5°C，或发热持续时间超过3天，或伴有其他不适症状，应及时就医，进行相关检查，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，特殊人群在接种疫苗后应密切观察病情变化，如有不适，应及时就医。