一、胚胎因素
胚胎染色体异常是孕早期孕酮值偏低的重要原因之一，约50%~60%的自然流产与胚胎染色体异常相关，染色体异常可影响胚胎正常发育，进而影响黄体功能，导致孕酮分泌不足。
二、母体因素
1.内分泌失调
-黄体功能不全：卵巢中的黄体分泌孕酮，若黄体功能不全，会使孕酮合成与分泌减少，从而导致孕早期孕酮值偏低。
-甲状腺功能减退：甲状腺激素参与机体多种代谢调节，甲状腺功能减退时，机体激素平衡受影响，可干扰孕酮的正常分泌过程。
2.全身性疾病
严重感染（如败血症等）、糖尿病血糖控制不佳等全身性疾病，会影响机体的代谢及内分泌环境，进而可能导致孕早期孕酮水平降低。
3.不良生活方式
长期吸烟、酗酒等不良生活方式，可干扰体内激素代谢，影响孕酮的正常生成与维持，增加孕早期孕酮值偏低的风险。
4.子宫因素
子宫畸形等子宫结构异常情况，可能影响胚胎的着床与发育环境，间接导致孕酮分泌相关的内分泌调节出现异常，引发孕酮值偏低。