怀孕初期孕酮低的原因主要有以下几点：
1.黄体功能不全：怀孕初期，孕酮主要由黄体分泌。如果黄体功能不全，分泌的孕酮不足，就可能导致孕酮低。
黄体功能不全的原因可能是由于垂体分泌的促黄体生成素（LH）不足，或者是由于卵泡期FSH分泌不足，导致黄体发育不良，进而影响孕酮的分泌。
此外，一些全身性疾病，如甲状腺功能减退、严重的糖尿病等，也可能影响黄体的功能，导致孕酮水平降低。
2.肾上腺、甲状腺功能失调：肾上腺、甲状腺功能失调也可能影响孕酮的合成。这两个脏器的功能出现异常时，可能会干扰孕酮的代谢，导致孕酮水平下降。
3.先兆流产、宫外孕：如果怀孕初期出现先兆流产或宫外孕，也可能导致孕酮低。在先兆流产时，胚胎可能会出现问题，导致黄体功能不足；而宫外孕时，胚胎无法正常在子宫内着床，也会影响孕酮的分泌。
4.其他因素：孕妇年龄大、身体存在胰岛素抵抗、肥胖等，也可能增加孕酮低的风险。
需要注意的是，孕酮水平低并不一定意味着一定会发生流产，但它可能增加流产的风险。如果怀孕初期发现孕酮低，医生可能会建议进行进一步的检查，如超声检查，以确定胚胎的发育情况。如果胚胎发育正常，可以通过补充孕酮来提高孕酮水平，以维持妊娠。具体的治疗方法和治疗时机需要根据个体情况而定，应在医生的指导下进行。此外，孕妇在怀孕期间应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，有助于维持孕酮水平的稳定。