停经40天B超未见孕囊可能是以下原因导致的。
1.受孕时间较短：受精卵可能刚着床，孕囊还太小，B超无法检测到。
2.宫外孕：孕囊可能位于子宫外，如输卵管、卵巢等部位，B超也无法看到。
3.胚胎发育不良：可能存在胚胎停育的情况，孕囊停止发育或发育异常。
4.其他因素：如子宫畸形、子宫肌瘤等，也可能影响孕囊的显示。
需要注意的是，停经40天未见孕囊并不一定意味着异常，医生可能会建议进行进一步的检查，如血HCG检测、孕酮检测、复查B超等，以综合判断孕囊的情况和妊娠的进展。如果有任何疑问或担忧，应及时与医生沟通，遵循医生的建议进行相应的处理。