根据上述文本，停经40天B超未见孕囊的原因及处理方式如下：
1.怀孕时间较短：孕囊一般在停经35天左右时可见，40天时可能还未发育到能被B超检测到的程度。这种情况下，医生可能会建议隔一段时间后再次进行B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
2.宫外孕：受精卵着床在子宫以外的部位，如输卵管、卵巢、腹腔等，B超也可能看不到孕囊。这种情况比较危险，需要进一步进行检查，如血HCG和孕酮检测、宫腔镜检查、腹腔镜检查等，以明确诊断。一旦确诊宫外孕，应及时治疗，以免发生危险。
3.胚胎发育不良：孕囊的发育可能受到多种因素的影响，如染色体异常、母体健康状况等，导致发育缓慢或停止。这种情况下，医生可能会建议继续观察，并进行其他检查，如血HCG和孕酮检测、B超检查等，以了解孕囊的发育情况。如果孕囊持续发育不良，可能需要进行清宫手术。
4.其他因素：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等子宫病变，或内分泌失调、使用某些药物等，也可能影响孕囊的形成和发育。这种情况下，需要进行进一步的检查，如宫腔镜检查、腹腔镜检查等，以排除其他潜在的问题。
需要注意的是，每个女性的情况都可能不同，医生会根据具体情况进行综合评估，并制定个性化的诊疗方案。如果对检查结果或诊断有任何疑问，应及时与医生沟通，以便获得更详细的解释和建议。此外，保持良好的心态和生活习惯，对胚胎的发育也非常重要。