一只眼睛在眨的时候痛，可能与以下原因有关。
1.感染
感染性结膜炎：由于细菌、病毒、衣原体等感染结膜而引起的炎症，可导致眼睛红肿、疼痛、畏光、流泪、分泌物增多等症状，眨眼时疼痛更为明显。
角膜炎：角膜是眼睛前部的透明组织，感染、外伤、免疫因素等都可能导致角膜炎，患者会出现眼睛疼痛、畏光、流泪、视力下降等症状，眨眼时也会加重疼痛。
麦粒肿：麦粒肿是睫毛毛囊附近的皮脂腺或睑板腺的急性化脓性炎症，可表现为眼睑红肿、疼痛，眨眼时疼痛更为明显。
2.非感染性因素
干眼症：由于泪液分泌不足或蒸发过多，导致眼睛表面干燥，从而引起眼部不适和疼痛，眨眼时疼痛可能会加重。
视疲劳：长时间用眼、近距离工作、阅读等可导致眼睛疲劳，出现眼睛疼痛、干涩、酸胀等症状，眨眼时也会加重疼痛。
眼部外伤：眼部受到外力撞击、挤压、划伤等，可导致眼部组织损伤，引起疼痛，眨眼时疼痛可能会加重。
青光眼：眼压升高可导致视神经损害和视野缺损，青光眼急性发作时，可出现眼睛疼痛、头痛、恶心、呕吐等症状，眨眼时疼痛可能会加重。
其他：结膜炎、巩膜炎、虹膜睫状体炎、电光性眼炎等也可能导致眼睛在眨的时候痛。
如果出现一只眼睛在眨的时候痛的情况，建议及时就医，明确病因，并进行相应的治疗。同时，要注意眼部卫生，避免揉眼，避免长时间用眼，保持充足的睡眠。对于儿童、老年人、孕妇等特殊人群，如果出现眼睛疼痛，应及时就医，因为他们的眼部情况可能较为复杂，需要更加专业的诊断和治疗。