心源性脑栓塞首选药物为溶栓药物和抗凝药物。
溶栓药物可溶解血栓，恢复梗死区血流灌注，是改善脑梗死预后的关键治疗措施。常用药物有重组组织型纤溶酶原激活剂（rt-PA）、尿激酶等。但溶栓治疗有严格的时间窗限制，且有导致出血的风险，需要在发病4.5小时内或6小时内进行。
抗凝药物可防止血栓扩大，预防复发，适用于房颤、心肌梗死等心源性疾病引起的心源性脑栓塞。常用药物有肝素、华法林等。抗凝治疗的风险相对较小，但需要定期监测凝血功能。
此外，心源性脑栓塞还需要针对病因进行治疗，如控制房颤的心率、预防心肌梗死等。同时，还需要进行神经保护、改善脑代谢等综合治疗。
需要注意的是，心源性脑栓塞的治疗应在医生的指导下进行，根据患者的具体情况选择合适的治疗方案。