3个月宝宝拉肚子，可能是生理现象，也可能是疾病导致。可以从以下几个方面处理。
1.观察宝宝的精神状态、尿量和饮食情况。如果宝宝精神状态好，尿量正常，饮食正常，可以先观察，不用着急用药。
2.注意宝宝的饮食。如果是母乳喂养，妈妈要注意饮食，少吃油腻、生冷的食物；如果是配方奶喂养，可以考虑换一种奶粉。
3.注意宝宝的腹部保暖。可以用热水袋给宝宝暖暖肚子，但要注意温度，不要烫伤宝宝。
4.给宝宝服用益生菌。益生菌可以调节肠道菌群，有助于缓解拉肚子的症状。
5.如果宝宝拉肚子的情况比较严重，比如大便次数多、水分多、精神状态差、尿量少等，或者持续时间较长，建议及时就医。医生会根据宝宝的具体情况，给予相应的治疗。
需要注意的是，在给宝宝用药之前，最好先咨询医生的意见，不要自行用药。