手关节起疙瘩并伴有疼痛，可能与以下原因有关。
1.外伤：手关节受到直接或间接的外力撞击、挤压、扭转等，可能导致皮肤、皮下组织、关节囊、韧带、肌腱等损伤，引起炎症反应，出现疙瘩和疼痛。常见的原因包括摔倒、碰撞、扭伤等。
2.感染：手关节皮肤破损或有感染灶，如甲沟炎、脓性指头炎等，细菌可通过破损处进入关节腔，引起感染，导致关节肿胀、疼痛、发热等症状。
3.关节炎：手关节的骨关节炎、类风湿关节炎、痛风性关节炎等疾病，可导致关节软骨破坏、骨质增生、滑膜炎症等，从而引起手关节疼痛、肿胀、畸形等症状。
4.腱鞘炎：手关节频繁活动或过度使用，可导致腱鞘发生炎症，出现腱鞘增厚、狭窄，从而压迫肌腱，引起疼痛和活动受限。常见的疾病有桡骨茎突狭窄性腱鞘炎、屈指肌腱腱鞘炎等。
5.其他：手关节的肿瘤、自身免疫性疾病、内分泌疾病等也可能导致手关节起疙瘩并伴有疼痛。
如果手关节起疙瘩并伴有疼痛，建议及时就医，进行详细的检查，如X线、CT、磁共振成像（MRI）、血常规、血沉、C反应蛋白、血尿酸等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，应注意休息，避免手关节过度活动和负重，保持关节的保暖，避免寒冷刺激。