三个月宝宝睡觉摇头，可能是正常的生理现象，也可能与维生素D缺乏、湿疹等有关。
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能尚未发育完善，可能会出现睡觉时摇头的情况，这是一种正常的生理现象，通常会随着宝宝的生长发育逐渐消失。
2.维生素D缺乏：宝宝体内维生素D不足，可能会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、夜惊等症状。
3.湿疹：宝宝头部出汗多，若没有及时清理，可能会导致湿疹，从而引起瘙痒，使宝宝通过摇头来缓解不适。
4.其他：中耳炎、外耳道炎等疾病也可能导致宝宝睡觉摇头。
如果宝宝除了摇头，还伴有其他异常表现，如哭闹、睡眠不安、夜惊、枕秃等，应及时就医，明确原因。同时，家长应注意保持宝宝头部清洁，及时清理汗液和分泌物，避免湿疹的发生。此外，还应给宝宝补充维生素D，促进钙吸收。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果宝宝出现睡觉摇头的情况，建议及时就医，以获得更专业的建议和治疗。