三个月宝宝睡觉总是摇头，这可能与以下几方面有关：生理性因素、病理性因素、其他因素。
一、生理性因素：
三个月的宝宝若穿着衣物过厚或所处环境温度过高，都可能致使身体出汗较多，从而出现老是摇头的情况。宝宝自身的体温调节能力相对较弱，过热会让他们感到不适，通过摇头来表达这种不舒服的感觉。
二、病理性因素：
1.若三个月宝宝患有佝偻病或缺乏维生素D，可能会有一些临床表现，像鸡胸、枕秃以及摇头等。佝偻病主要是由于维生素D缺乏引起钙、磷代谢紊乱，进而影响骨骼发育，同时可能伴有神经兴奋性改变，导致宝宝出现这些症状。
2.缺乏维生素D会影响钙的吸收和利用，引起神经肌肉兴奋性增高，宝宝也容易出现摇头等异常表现。
三、其他因素：
宝宝后枕部若接触到容易过敏的物品，有可能引发过敏症状，导致局部瘙痒，进而引起睡觉时总摇头。过敏会导致后枕部皮肤出现发红、疹子、瘙痒等情况，宝宝会通过摇头来缓解这种瘙痒不适感。
总之，三个月宝宝睡觉总是摇头可能是多种原因导致的，需要仔细观察和分析，以便采取相应的措施。如果这种情况持续存在或伴有其他异常表现，应及时就医，进行相关检查和诊断，以确保宝宝的健康。