小儿早上起来咳嗽的原因主要有以下几点：
1.上呼吸道感染：鼻部分泌物倒流刺激咽喉部会引起咳嗽，这种咳嗽通常伴有鼻塞、流涕等症状。
2.咳嗽变异性哮喘：早上起床时咳嗽，运动后咳嗽加剧，夜间咳嗽也比较明显，可能是咳嗽变异性哮喘。
3.胃食管反流：胃酸反流到食管和咽喉部，会刺激咳嗽感受器，引起咳嗽。小儿平卧或夜间时更容易发生反流，因此咳嗽也会在早上起床或夜间加重。
4.过敏性鼻炎：过敏性鼻炎的患儿，鼻部分泌物较多，起床后会因清理鼻腔而咳嗽。
5.其他：室内空气干燥、吸入过敏原（如花粉、尘螨等）、气道炎症等也可能导致小儿早上起来咳嗽。
如果小儿咳嗽持续时间较长或伴有其他症状（如喘息、呼吸困难、发热等），建议及时就医，进行相关检查，以明确咳嗽的原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长可以注意保持室内空气湿润，让小儿多喝水，避免食用刺激性食物和饮料，帮助缓解咳嗽症状。