怀孕39天做B超不一定能看到孕囊。
一般情况下，怀孕35天左右，B超可在宫腔内看到孕囊；怀孕42天左右，B超可看到胎芽和胎心搏动。但具体情况因人而异，有些女性月经周期较长，排卵较晚，受孕时间较晚，那么孕囊出现的时间也会相应推迟。如果怀孕39天时孕囊还未进入宫腔，也可能是宫外孕。
因此，如果怀孕39天做B超看不到孕囊，医生可能会建议过几天再复查，以确定孕囊的位置和发育情况。如果复查时孕囊在宫腔内，且大小符合孕周，有胎芽和胎心搏动，说明孕囊发育正常；如果孕囊不在宫腔内，或孕囊大小与孕周不符，没有胎芽和胎心搏动，可能是宫外孕或胎停育，需要进一步检查和治疗。