怀孕39天做B超不一定能看出来。一般来说，怀孕35天左右，B超可在宫腔内看到孕囊；怀孕42天左右，可看到胎芽和原始心管搏动。如果平时月经周期较长，受精卵着床较晚，怀孕39天时孕囊可能还很小，B超不一定能看到。
但如果孕囊发育较好，或者孕妇体内的激素水平较高，怀孕39天时做B超也可能看到孕囊。因此，具体情况因人而异。如果没有腹痛、阴道流血等异常情况，建议怀孕6-7周时再做B超，以明确是否为宫内妊娠，以及孕囊的发育情况。
如果怀孕39天时做B超看不到孕囊，需要警惕宫外孕的可能。此外，还需要结合血HCG和孕酮的水平，综合判断孕囊的位置和发育情况。如果血HCG隔日翻倍不好，或者孕酮水平较低，提示孕囊发育不良或宫外孕的可能性较大。
需要注意的是，B超检查对胎儿没有明显的不良影响，但也不需要过早做B超检查。如果没有特殊情况，怀孕11-13周时可以做一次B超，测量胎儿颈项透明层厚度，评估胎儿患唐氏综合征的风险。