怀孕39天做B超不一定能看出来。一般来说，怀孕35天左右，B超可在宫腔内看到孕囊；怀孕42天左右，可看到胎芽和原始心管搏动。如果平时月经周期较长，受精卵着床较晚，怀孕39天时做B超可能还看不到孕囊。
需要注意的是，过早做B超，可能会因孕囊太小，而出现漏诊或误诊的情况。因此，如果没有出现腹痛、阴道流血等异常情况，不建议过早做B超检查。可以在怀孕6-8周时，再去医院做B超，以明确是否为宫内妊娠，以及孕囊的发育情况。
如果平时月经周期不规律，或有腹痛、阴道流血等异常情况，需要及时就医，医生会根据具体情况，安排合适的检查时间。此外，在孕早期，还需要注意休息，避免剧烈运动和性生活，同时要补充叶酸，预防神经管畸形的发生。