在排除压力、作息等因素影响的情况下，如果凌晨做噩梦，可能是由于以下原因：
1.生活应激：在生活中经历了压力较大的事情，如工作压力、人际关系问题等，可能会导致噩梦的发生。
2.睡眠呼吸暂停综合征：在睡眠中呼吸不畅，可能会导致噩梦的发生。
3.周期性肢体运动障碍：在睡眠中出现周期性的腿部或足部运动，可能会导致噩梦的发生。
4.药物副作用：某些药物的副作用可能会导致噩梦的发生。
5.睡眠环境：睡眠环境不适宜，如噪音、温度不适等，可能会导致噩梦的发生。
如果经常在凌晨做噩梦，可能会影响睡眠质量，导致白天精神不振、疲劳等。以下是一些应对方法：
1.心理治疗：如认知行为疗法，可以帮助患者识别和改变不良的思维和行为模式，从而缓解噩梦的症状。
2.药物治疗：如抗抑郁药、抗焦虑药等，可以帮助缓解噩梦的症状。
3.生活方式调整：保持规律的作息时间，避免在晚上摄入咖啡因和大量液体，适当进行体育锻炼，保持良好的心态等。
4.睡眠环境调整：保持卧室安静、黑暗、凉爽，选择舒适的床垫和枕头等。
5.放松技巧：如深呼吸、冥想、瑜伽等，可以帮助放松身心，缓解压力和焦虑。
如果噩梦的症状严重影响生活质量，建议及时就医，寻求专业医生的帮助。同时，如果在凌晨做噩梦的同时还伴有其他症状，如呼吸困难、胸痛、头痛等，应立即就医，进行全面的身体检查，以排除其他潜在的健康问题。