扁桃体发炎后期咳嗽不一定是好转的迹象，可能是病情发展的结果，也可能是其他原因引起的。以下是一些可能的情况：
1.炎症刺激：扁桃体发炎时，炎症可能会刺激喉咙和气管，导致咳嗽。在扁桃体发炎的后期，炎症可能已经减轻，但喉咙和气管的刺激仍然存在，从而引起咳嗽。
2.分泌物排出：扁桃体发炎时，喉咙和气管会分泌一些黏液和痰液，以帮助清除病原体和炎症细胞。在扁桃体发炎的后期，这些分泌物可能会逐渐排出体外，导致咳嗽。
3.过敏反应：有些人对扁桃体发炎时使用的药物或其他物质过敏，可能会出现咳嗽等过敏反应。
4.其他疾病：扁桃体发炎后期咳嗽也可能是其他疾病的表现，如气管炎、肺炎等。
如果扁桃体发炎后期咳嗽持续时间较长或伴有其他症状，如发热、呼吸困难等，应及时就医，进行相关检查和治疗。同时，应注意休息、多喝水、避免吸烟和空气污染等，以促进病情的恢复。
以下是一些常用的止咳药物：
1.氨溴索：可促进呼吸道黏膜的浆液分泌，减少黏液的滞留，从而稀释痰液，易于咳出。
2.氢溴酸右美沙芬：具有镇咳作用，能抑制延脑咳嗽中枢而产生镇咳作用，其镇咳作用与可待因相等或稍强。
3.喷托维林：为人工合成的非成瘾性镇咳药，对咳嗽中枢有直接抑制作用，其镇咳作用强度约为可待因的1/3，兼有抗惊厥和解痉作用。