扁桃体发炎后期咳嗽不一定是好转的迹象，可能是疾病发展的不同阶段，也可能是其他原因引起。以下是一些可能的情况：
1.炎症刺激：扁桃体发炎时，喉咙部位会受到炎症刺激，导致咳嗽。在后期，虽然扁桃体的炎症可能有所减轻，但喉咙仍然可能受到刺激，引起咳嗽。
2.分泌物排出：扁桃体发炎时，喉咙会分泌一些黏液和脓液。在后期，这些分泌物可能会逐渐排出体外，刺激喉咙引起咳嗽。
3.过敏反应：有些人可能对扁桃体发炎时使用的药物或其他物质过敏，导致咳嗽。
4.其他感染：扁桃体发炎可能会引起其他部位的感染，如支气管炎、肺炎等，从而导致咳嗽。
5.气道高反应性：扁桃体发炎后，气道可能会变得更加敏感，容易受到刺激引起咳嗽。
如果咳嗽持续时间较长、严重影响生活质量，或者出现其他症状，如发热、呼吸困难等，建议及时就医，进行详细的检查和诊断。医生可能会根据具体情况采取相应的治疗措施，如使用止咳药、抗生素、抗过敏药物等。
此外，在扁桃体发炎后期，需要注意以下几点：
1.保持充足的水分摄入，有助于缓解喉咙疼痛和咳嗽。
2.避免吸烟和暴露在刺激性物质中，如烟雾、粉尘等。
3.注意休息，避免过度劳累。
4.保持口腔清洁，经常漱口。
5.按照医生的建议进行治疗，按时服药。
需要注意的是，每个人的情况可能不同，如果对扁桃体发炎后期的咳嗽有疑虑，最好咨询医生的意见，以便获得更准确的诊断和治疗建议。