40天新生儿咳嗽有痰，可采取以下措施：
1.保持适宜的环境：室内温度应保持在22℃~24℃，相对湿度保持在60%左右。定时通风，保持室内空气清新。
2.及时清理呼吸道：如果宝宝咳嗽有痰，可在喂奶后适当拍背，帮助痰液咳出。也可使用吸痰器吸出痰液。
3.多喝水：多喝水有助于稀释痰液，促进排出。
4.药物治疗：如果咳嗽有痰严重，影响宝宝睡眠和进食，可在医生指导下使用祛痰药物，如氨溴索、氨溴特罗等。
5.就医治疗：如果宝宝咳嗽有痰持续时间较长或伴有其他症状，如发热、呼吸急促等，应及时就医，明确病因，进行针对性治疗。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果宝宝出现咳嗽有痰的症状，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，在治疗过程中，应密切观察宝宝的病情变化，如有异常应及时就医。