月经结束后肚子疼，可能是以下原因导致的：
1.排卵性腹痛：月经结束后1-2周，下腹疼痛，多为一侧，有时会伴有阴道出血，这是由于卵泡破裂，卵子排出后，卵泡液对腹膜的刺激引起的，一般持续几个小时，少数患者可持续2-3天，这种疼痛叫排卵性腹痛。
2.子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是导致月经结束后肚子疼的常见原因之一，子宫内膜异位到子宫直肠窝、子宫骶骨韧带等部位，在月经结束后，会引起肚子疼。
3.妇科炎症：如盆腔炎、子宫内膜炎、宫颈炎等，也会导致月经结束后肚子疼。
4.其他：如子宫肌瘤、卵巢囊肿、宫外孕等，也会引起月经结束后肚子疼。
如果月经结束后肚子疼的症状持续不缓解，或伴有其他不适症状，如发热、阴道分泌物异常等，应及时就医，明确病因，并进行针对性治疗。