月经结束后总是肚子疼，可能是以下原因引起：
1.排卵性腹痛：月经结束后1-2天，下腹部出现轻微疼痛，可能是排卵引起的。这是由于排卵时卵泡破裂，卵泡液对腹膜的刺激所致。通常持续几个小时，少数患者可持续2-3天。
2.子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是导致月经结束后肚子疼的常见原因之一。子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位，如卵巢、子宫肌层、盆腔腹膜等。异位的子宫内膜在月经期间也会发生出血，但这些血液无法正常排出，从而引起腹痛。
3.妇科炎症：如盆腔炎、子宫内膜炎、宫颈炎等，也可能导致月经结束后肚子疼。这些炎症可能是由于细菌感染、病毒感染、真菌感染等引起的。
4.子宫肌瘤：子宫肌瘤是一种良性肿瘤，通常不会引起疼痛，但如果肌瘤较大或发生变性，可能会导致腹痛。
5.其他：其他可能导致月经结束后肚子疼的原因包括子宫腺肌病、宫腔粘连、节育环移位等。
需要注意的是，月经结束后肚子疼也可能是其他疾病的症状，如阑尾炎、肠梗阻等。因此，如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、呕吐、腹泻等，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定病因，并采取相应的治疗措施。
对于有生育需求的女性，如果长期出现月经结束后肚子疼的情况，应及时就医，进行全面的检查和治疗，以提高受孕机会。同时，女性在日常生活中应注意保暖，避免着凉，保持良好的生活习惯和饮食习惯，有助于缓解月经期间的不适症状。