月经过后小肚子疼，原因包括妇科疾病、胃肠道炎症以及生理性原因等。具体如下：
一、妇科疾病：
1.盆腔炎：如子宫内膜炎、卵巢炎、输卵管炎等。这类疾病会引发小肚子痛，常有压痛、反跳痛，还伴有阴道分泌物增多、白带异味，严重时会导致腰酸、腰痛、肛门下坠感。当患有盆腔炎时，炎症刺激会导致盆腔组织充血、水肿，从而引起小肚子疼痛。子宫内膜炎会使子宫内膜出现炎性改变，影响子宫收缩，也会引起小肚子疼痛。卵巢炎和输卵管炎则会影响卵巢和输卵管的正常功能，同样可能导致小肚子疼痛。
二、胃肠道炎症：
女性若有胃肠道疾病，月经过后身体抵抗力往往较差，易受细菌、病毒侵袭，使炎症加重或原有炎症复发，进而出现小肚子疼痛症状。比如肠胃炎，炎症刺激胃肠道黏膜，可引起小肚子疼痛、腹泻等表现。
三、生理性因素：
除了疾病因素外，一些生理性原因也可能导致月经过后小肚子疼，比如腹部受凉、食用过多生冷及刺激性过强的食物、存在不良生活习惯等。腹部受凉会引起胃肠道痉挛，从而导致小肚子疼痛。过多食用生冷或刺激性食物可能刺激胃肠道，引起不适。不良生活习惯如熬夜、过度劳累等可能影响身体的正常状态，引发小肚子疼痛。
如果月经过后出现小肚子疼痛，经保暖、喝温热水等调理后仍不能改善，建议进一步就诊进行相关疾病的排查。总之，要综合多方面因素来判断具体原因，并采取相应的措施。