月经结束后总是肚子疼，可能与以下几种情况有关。
1.排卵性腹痛
青春期女孩在排卵时，卵泡破裂，卵泡液对腹膜可能有一定的刺激作用，所以她们有时会出现左右交替的、每月一次的轻微腹痛。这属于生理性的，表现多为一侧性下腹隐痛、钝痛或坠胀样疼痛，部分少女同时伴有少许阴道出血，即排卵期出血，多在一两天后自行消失，一般不超过七天。这种腹痛多无任何病理改变，妇科检查也完全正常，属于生理性腹痛，一般不需处理。
2.痛经
痛经分原发性与继发性痛经两种。原发性痛经常见于青春期少女，原因与体内前列腺素水平、寒冷、情绪心理因素有关。而继发性痛经常见原因为子宫内膜异位症及子宫腺肌症。表现为疼痛逐渐加重，多呈周期性发作，或非经期下腹有隐痛而行经前后加重。此外，常伴有不孕及月经失调，往往需要药物治疗。
3.妇科炎症
如盆腔炎、附件炎、子宫内膜炎、子宫腺肌症等，都会导致女性在月经结束后出现肚子疼的情况。
4.子宫内膜异位症
子宫内膜异位症是导致女性月经结束后肚子疼的常见原因之一，其主要表现为继发性痛经、性交痛、月经不调等。
5.子宫肌瘤
子宫肌瘤也会导致女性月经结束后肚子疼，其主要表现为月经量增多、经期延长、月经周期缩短等。
总之，导致女性月经结束后肚子疼的原因有很多，如果疼痛症状持续不缓解或伴有其他不适，建议及时就医，明确病因后进行针对性治疗。