怀孕40天孕囊大小正常约为5mm左右，但存在一定的个体差异。
孕囊是原始的胎盘组织，是怀孕最初的形态，在B超下可以看到。一般来说，怀孕40天时孕囊的直径约为5mm左右，以后孕囊会逐渐长大，在怀孕6周时孕囊直径约为2cm，在怀孕10周时孕囊直径约为5cm左右。需要注意的是，孕囊的大小会因个体差异、受孕时间等因素而有所不同。如果孕囊大小明显小于孕周，可能提示胚胎发育不良；如果孕囊明显大于孕周，需要排除葡萄胎等异常情况。
如果在怀孕40天时没有看到孕囊，需要警惕宫外孕的可能。此外，还需要结合血HCG（人绒毛膜促性腺激素）和孕酮的水平来综合判断。如果血HCG隔日翻倍良好，孕酮水平正常，一般提示孕囊发育良好；如果血HCG翻倍不好或孕酮水平低，可能提示孕囊发育不良或宫外孕。
因此，怀孕40天孕囊大小正常约为5mm左右，但存在一定的个体差异。如果对孕囊大小有疑问，建议及时咨询医生，医生会根据具体情况进行分析和处理。