怀孕40天孕囊的正常大小一般在5mm左右，但具体大小可能会存在个体差异。此时孕囊较小，通过B超检查可能只能看到孕囊的存在，还不能看到胎芽和胎心搏动。
需要注意的是，孕囊的大小可能会受到多种因素的影响，例如受孕时间、月经周期、胚胎发育情况等。如果孕囊大小与停经时间不符，可能需要进一步检查，以排除胎停育、宫外孕等异常情况。
在怀孕早期，孕囊的发育情况非常重要，孕妇应注意以下几点：
保持良好的生活习惯：均衡饮食、适量运动、规律作息、避免吸烟和饮酒等。
注意休息：避免过度劳累和剧烈运动，保证充足的睡眠。
补充叶酸：叶酸有助于预防神经管缺陷，建议在备孕期间和怀孕早期补充叶酸。
按时产检：按照医生的建议进行产前检查，及时了解孕囊和胎儿的发育情况。
如果对孕囊的大小或其他方面有任何疑问，建议及时咨询医生，以获得专业的建议和指导。