怀孕40天孕囊的正常大小一般在5mm左右，最大直径一般不超过2cm。但孕囊的大小可能会存在一定的个体差异，与受孕时间、月经周期、胚胎质量等因素有关。
1.受孕时间：如果月经周期不规律，或者受孕时间较晚，孕囊可能会相对较小。
2.月经周期：如果月经周期较长，受孕时间也会相应推迟，孕囊可能会小于正常大小。
3.胚胎质量：如果胚胎质量较差，可能会影响孕囊的发育，导致孕囊小于正常大小。
4.其他因素：孕妇的年龄、身体健康状况等也可能会对孕囊大小产生一定的影响。
需要注意的是，孕囊大小只是评估胚胎发育情况的一个指标，还需要结合其他检查结果，如孕酮、HCG水平、胎心搏动等综合判断。如果孕囊大小与停经时间不符，或者出现阴道流血、腹痛等异常情况，需要及时就医，排除宫外孕、胎停育等异常情况。
此外，在怀孕早期，孕妇需要注意休息，避免剧烈运动和性生活，同时要按照医生的建议进行产前检查，及时了解胚胎的发育情况。