阴茎根部隐隐作痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因和建议：
1.前列腺炎或精囊炎：这是男性生殖系统常见的炎症性疾病，可能导致阴茎根部疼痛。此外，还可能伴有尿频、尿急、尿痛、射精痛等症状。治疗方法包括使用抗生素、物理治疗、生活方式调整等。建议及时就医，明确诊断，并遵循医生的治疗建议。
2.精索静脉曲张：精索内蔓状静脉丛的异常扩张、伸长和迂曲，可导致阴囊内温度升高，精子生成障碍，从而引起男性不育。部分患者可出现阴囊部坠胀不适、隐痛，步行或站立过久则症状加重，平卧休息后症状可缓解或消失。可通过精索内静脉高位结扎术等手术方法进行治疗。
3.阴茎硬结症：是一种发生在阴茎海绵体两层筋膜之间的一种结缔组织增生性疾病，多见于中年男性，可在阴茎背侧或根部摸到一个或几个条索状或椭圆形硬结，小的如绿豆大小，大的像花生米。小的硬结对勃起无影响，较大的硬结可以阻碍阴茎勃起，导致疼痛。阴茎勃起时，阴茎弯曲，一般无疼痛。治疗方法包括药物治疗、物理治疗、手术治疗等。
4.阴茎外伤：如阴茎受到撞击、挤压等，可能导致阴茎根部疼痛。此外，还可能伴有阴茎肿胀、淤血等症状。治疗方法包括休息、冷敷、热敷、止痛药物等。如果阴茎损伤严重，可能需要手术治疗。
5.其他原因：阴茎根部疼痛还可能与附睾炎、尿道炎、包茎或包皮过长等原因有关。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体原因需要根据患者的具体情况进行诊断。如果阴茎根部疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据病因进行相应的治疗。
此外，对于一些特殊人群，如老年人、糖尿病患者、免疫功能低下者等，阴茎根部疼痛可能与其他疾病有关，如前列腺癌、糖尿病性神经病变等。因此，这些人群如果出现阴茎根部疼痛，应更加重视，及时就医，进行全面的检查和诊断。
在治疗过程中，患者应注意休息，避免过度劳累和长时间站立。同时，应注意个人卫生，保持阴茎清洁，避免感染。此外，应避免性生活过于频繁或过度刺激阴茎，以免加重疼痛症状。
总之，阴茎根部疼痛可能是多种疾病的表现，需要及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据病因进行相应的治疗。同时，患者应注意个人卫生，保持良好的生活习惯，有助于缓解疼痛症状。