月经期小腹两侧疼痛，可能是由以下原因引起：
1.排卵性腹痛：
原理：成熟的卵子从卵巢表面排出，要冲破包裹卵子表面的一层薄膜滤泡，滤泡内的少量液体就会流入盆腔，导致下腹部位出现坠胀感，并伴有轻微的疼痛。
治疗：排卵性腹痛属于一种生理现象，一般不需要特殊治疗，注意保暖和休息即可。
2.痛经：
原理：行经前后或月经期出现下腹疼痛、坠胀，伴有腰酸或其他不适，症状严重影响生活质量者称为痛经。痛经分为原发性痛经和继发性两类，原发性痛经指生殖器官无器质性病变的痛经，占痛经90%以上；继发性痛经指由盆腔器质性疾病引起的痛经。
治疗：
原发性痛经：
一般治疗：适用于所有痛经患者，包括心理治疗、生活方式调整等。
药物治疗：主要为前列腺素合成酶抑制剂，通过抑制前列腺素合成酶的活性，减少前列腺素的产生，从而缓解痛经。
继发性痛经：需针对病因进行治疗，常见病因有子宫内膜异位症、子宫腺肌病等。
3.其他：
子宫内膜异位症：具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔被覆黏膜以外的其他部位时，称为子宫内膜异位症。异位的子宫内膜可侵犯全身任何部位，但绝大多数位于盆腔脏器和壁腹膜，以卵巢、宫骶韧带最常见。
盆腔炎性疾病：是女性上生殖道感染性疾病，主要包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿、盆腔腹膜炎。炎症可局限于一个部位，也可同时累及几个部位，多发生在性活跃期、有月经的妇女。
其他：如子宫肌瘤、卵巢肿瘤等，也可引起月经期小腹两侧疼痛。
如果月经期小腹两侧疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。