月经期间小腹两侧疼痛，可能是由于以下原因引起：
1.排卵性腹痛：（1）在月经中期，即排卵期，由于卵泡破裂，卵泡液对腹膜的刺激，可能会引起女性小腹疼痛，一般持续几个小时，少数患者可持续2-3天。（2）这种腹痛是一种功能性腹痛，是正常的，不需要特殊治疗，也不会影响健康。
2.痛经：（1）痛经分为原发性痛经和继发性痛经。原发性痛经是指生殖器官无器质性病变的痛经，占痛经90%以上。（2）其发生主要与月经时子宫内膜前列腺素含量增高有关。（3）PGF2α含量升高时，会引起子宫平滑肌过强收缩，血管痉挛，造成子宫缺血、乏氧状态而出现痛经。（4）治疗方法包括：（4-1）一般治疗：重视心理治疗，消除紧张和顾虑，足够的休息和睡眠，规律而适度的锻炼，戒烟均对缓解疼痛有一定帮助。（4-2）药物治疗：前列腺素合成酶抑制剂，如布洛芬、酮洛芬等，是治疗痛经的有效药物。
3.其他：（1）子宫内膜异位症：（1-1）具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔被覆黏膜以外的部位，并在女性激素的影响下，出现周期性出血，导致周围组织纤维化，引起痛经。（1-2）其痛经特点是渐进性痛经，是痛经进行性加重。（1-3）治疗方法包括：（1-3-1）药物治疗：假孕疗法，如孕激素、雄激素、棉酚等。（1-3-2）假绝经疗法，如达那唑、戈舍瑞林等。（1-3-3）手术治疗：保守性手术，如腹腔镜下卵巢巧克力囊肿剔除术等。（2）慢性盆腔炎：（2-1）其主要临床表现为下腹部坠胀、疼痛及腰骶部酸痛，常在劳累、性交后及月经前后加剧。（2-2）其痛经特点是在月经间歇期间有下腹坠胀痛、腰骶部酸痛，部分患者可伴有肛门坠胀感。（2-3）治疗方法包括：（2-3-1）一般治疗：注意休息，加强营养，提高机体抵抗力。（2-3-2）药物治疗：抗生素治疗，如头孢呋辛酯、左氧氟沙星等。（2-3-3）手术治疗：如有输卵管积水或输卵管卵巢囊肿可行手术治疗。
总之，月经期间小腹两侧疼痛的原因较多，治疗方法也不同。如果疼痛严重或持续时间较长，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。