大便的时候肛门有点疼，可能是以下原因引起：
1.肛裂：肛裂是肛管皮肤全层裂伤后形成的感染性溃疡，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。肛管表面裂伤不能及时愈合，反复感染、炎症刺激，肛门内括约肌痉挛，导致溃疡裂口难以愈合。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起如水泡样，颜色青紫，便后或蹲厕时下蹲、腹压增加时，均可引起肿胀、疼痛。
3.肛管炎：肛管炎是长期的粪便刺激和不良的排便习惯引起的，其主要症状是肛门部下坠感、疼痛、肛管黏膜充血、水肿、糜烂，有时会出现脓性分泌物。
4.肛周脓肿：肛门周围皮下脓肿是引起肛门疼痛的常见原因，疼痛为逐渐加重的持续性肿痛或跳痛，行走不便，端坐受限。
5.肛窦炎：通常表现为肛门部下坠感有便意，蹲厕所时可有脓性分泌物流出，引起肛门疼痛。
6.直肠癌：在直肠癌延误诊断的病例中，有80%是由于未做直肠指诊，因便血而误认为内痔，延误治疗。
如果出现大便时肛门疼痛的症状，建议及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。