三个月宝宝拉肚子的原因、治疗方法如下：
1.原因：
生理性稀便：由于三个月的宝宝消化功能还没有发育完全，吃进去的奶可能没有被完全消化，就会出现稀便的情况。
喂养不当：如果给宝宝喂食过多、过少，或者过早地添加辅食，都可能导致宝宝拉肚子。
乳糖不耐受：宝宝体内乳糖酶缺乏，无法消化牛奶中的乳糖，就会导致拉肚子。
病毒或细菌感染：宝宝的肠道受到病毒或细菌的感染，也会引起拉肚子。
腹部受凉：宝宝的腹部受凉，也会导致肠蠕动加快，引起拉肚子。
2.治疗方法：
调整饮食：如果是生理性稀便，不需要特殊治疗，只要注意调整宝宝的饮食，减少奶量，增加水的摄入即可。如果是喂养不当导致的拉肚子，需要调整喂养方式，按照正确的比例喂食。
补充乳糖酶：如果是乳糖不耐受导致的拉肚子，可以在医生的指导下补充乳糖酶。
药物治疗：如果是病毒或细菌感染引起的拉肚子，需要在医生的指导下使用药物治疗，如抗生素、抗病毒药物等。
腹部保暖：如果是腹部受凉导致的拉肚子，需要注意腹部保暖，给宝宝穿上肚兜或使用热水袋热敷腹部。
就医治疗：如果宝宝拉肚子的情况比较严重，或者出现了其他症状，如发热、呕吐、脱水等，需要及时就医治疗。
需要注意的是，在给宝宝治疗拉肚子的同时，还需要注意给宝宝补充水分，防止脱水。如果宝宝出现了脱水的症状，如皮肤干燥、眼窝凹陷、尿量减少等，需要及时就医治疗。同时，在宝宝拉肚子期间，需要注意保持宝宝的臀部清洁干燥，避免出现尿布疹。