宝宝三个月拉肚子，可能是喂养不当、乳糖不耐受、病毒感染、细菌感染等原因引起的，可以通过调整饮食、补充益生菌、服用药物等方式进行治疗，建议及时就医。具体分析如下：
1.喂养不当：如果宝宝摄入的奶量过多或过少、过早添加辅食等，可能会导致宝宝消化不良，出现拉肚子的情况。这种情况下，家长可以调整宝宝的饮食，减少奶量或暂停添加辅食，同时给宝宝服用益生菌，如双歧杆菌四联活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒等，以调节肠道菌群，帮助消化。
2.乳糖不耐受：宝宝体内乳糖酶缺乏或活性低下，无法完全消化母乳或牛奶中的乳糖，也会导致拉肚子。这种情况下，家长可以在医生的指导下给宝宝服用乳糖酶，或者给宝宝选择无乳糖奶粉或深度水解蛋白奶粉。
3.病毒感染：轮状病毒、诺如病毒等病毒感染是引起宝宝拉肚子的常见原因。这种情况下，宝宝通常还会伴有发热、呕吐等症状。家长可以带宝宝去医院检查大便常规，明确病因后，在医生的指导下给宝宝服用利巴韦林颗粒、蒙脱石散等药物进行治疗。
4.细菌感染：如果宝宝吃了被细菌污染的食物，或接触了感染细菌的人，可能会导致肠道细菌感染，出现拉肚子的情况。这种情况下，宝宝的大便通常会有脓血、黏液等。家长可以带宝宝去医院检查大便常规和血常规，明确病因后，在医生的指导下给宝宝服用头孢克洛颗粒、阿莫西林颗粒等药物进行治疗。
宝宝在治疗期间需要注意饮食卫生，勤洗手，保持口腔清洁。同时，家长可以给宝宝适当食用一些易消化的食物，如米汤、米糊等，避免食用油腻、辛辣、刺激性的食物。