三个月宝宝流清鼻涕，可能是以下原因引起：
1.生理原因：宝宝的鼻腔比较狭窄，鼻黏膜血管丰富，容易受到外界刺激而流鼻涕。如果宝宝没有其他不适症状，如咳嗽、发热等，可能是正常的生理现象。家长可以用温热的湿毛巾轻轻擦拭宝宝的鼻腔，帮助清理鼻涕。
2.过敏：如果宝宝对空气中的花粉、灰尘、动物毛发等过敏，也可能导致流清鼻涕。此外，宝宝食用了过敏食物，如海鲜、鸡蛋等，也可能引发过敏反应。家长需要找出过敏原，并避免宝宝接触。如果症状严重，建议及时就医，并在医生的指导下使用抗过敏药物。
3.感冒：宝宝身体抵抗力较弱，容易受到病毒或细菌感染，引发感冒。感冒时，宝宝通常会出现流清鼻涕、咳嗽、发热等症状。家长可以给宝宝多喝水，注意保暖。如果症状持续加重或出现其他不适，应及时就医，并根据医生的建议进行治疗。
4.鼻腔结构异常：如果宝宝存在鼻腔结构异常，如鼻中隔偏曲、鼻甲肥大等，也可能导致流清鼻涕。这种情况下，需要及时就医，进行相关检查和治疗。
需要注意的是，宝宝的免疫系统尚未完全发育成熟，容易受到各种病原体的侵袭。如果宝宝流清鼻涕的同时，还伴有其他不适症状，如咳嗽、发热、呼吸急促等，应及时就医，以便明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，家长应注意保持宝宝的鼻腔清洁，避免宝宝接触过敏原，加强营养，增强宝宝的抵抗力。