三个月宝宝流清鼻涕可能是感冒、过敏、鼻腔异物等原因所致，可以通过日常护理、药物治疗等方式进行治疗，建议及时就医。具体分析如下：
1.感冒：三个月宝宝流清鼻涕，可能是感冒引起的。如果宝宝除了流清鼻涕，没有其他不适症状，可以先观察，给宝宝多喝水，注意保暖。如果宝宝流鼻涕的同时，还伴有咳嗽、发热等症状，可能是感冒加重了，需要及时就医，在医生的指导下使用药物治疗。
2.过敏：如果宝宝是过敏体质，接触了过敏原，如花粉、尘螨、动物毛发等，可能会引起过敏反应，导致流清鼻涕、打喷嚏等症状。家长要注意查找过敏原，避免宝宝再次接触。同时，可以在医生的指导下给宝宝使用抗过敏药物治疗。
3.鼻腔异物：如果宝宝玩耍时将异物塞入鼻腔，也可能会导致流清鼻涕。家长可以通过观察宝宝的鼻腔，看看是否有异物。如果有异物，可以用镊子或棉签轻轻取出。如果无法取出，需要及时就医。
宝宝在治疗期间需要注意保持鼻腔清洁，可适当食用富含维生素C、维生素A等食物，如橙子、胡萝卜等，避免食用辛辣、油腻等刺激性食物，如辣椒、油炸食品等。