怀孕40天可以做药物流产，但需要在医生的指导下进行。
药物流产是通过服用药物来终止早期妊娠的方法，适用于怀孕7周以内的孕妇。在怀孕40天时，孕囊大小适中，药流的成功率较高。但药流也存在一定的风险，如药流不全、出血时间长等，还可能会导致感染。因此，在进行药流前，需要进行全面的身体检查，包括血常规、白带常规、B超等，以确保身体状况适合药流。同时，药流需要在医生的指导下进行，医生会根据孕妇的具体情况，制定合适的药流方案，并在药流过程中密切观察孕妇的情况，及时处理可能出现的问题。
需要注意的是，药流有一定的时间限制，一般不能超过怀孕49天。此外，药流后需要注意休息，加强营养，注意个人卫生，保持外阴清洁，同时还需要密切观察阴道出血情况，如出血量过多、出血时间过长等，应及时就医。
总之，怀孕40天可以做药物流产，但需要在医生的指导下进行，并注意药流后的护理和随访。如果对药流有任何疑问，建议咨询专业的医生。