菌子中毒的症状因菌子种类不同而有所差异。一般来说，食用毒菌后短时间内就可能出现症状，通常在食用后10分钟至几小时内发病。
胃肠型中毒症状
恶心呕吐： 很多菌子中毒会首先出现胃肠道反应，食用毒菌后数小时内，患者可能会突然感到恶心，随后频繁呕吐，呕吐物多为胃内容物。腹泻： 同时还可能伴有腹泻，大便多为水样便，一天可能会腹泻数次甚至十余次，严重的可能导致脱水。
神经精神型中毒症状
瞳孔变化： 部分毒菌会引起神经精神症状，比如有的毒菌会导致瞳孔缩小，就像蘑菇中毒中的一些类型，会出现类似有机磷中毒的表现，瞳孔会比正常缩小。幻视幻听： 有些患者会出现精神方面的异常，比如产生幻视、幻听，看到不存在的东西或者听到不存在的声音，情绪也可能变得烦躁不安等。
溶血型中毒症状
贫血黄疸： 食用这类毒菌后，一般在1 - 2天内会出现溶血症状，患者会出现贫血、黄疸等表现，面色变得苍白，皮肤发黄，同时可能伴有寒战、发热等症状。尿液变化： 尿液颜色也会发生改变，可能变为酱油色等，这是因为红细胞破裂，血红蛋白释放到血液中，经过代谢从尿液排出导致的。
脏器损害型中毒症状
肝脏损害： 这类中毒比较严重，在误食后的潜伏期过后，会首先出现消化道症状，然后逐渐累及肝脏等脏器。肝脏会受到损伤，表现为肝功能异常，如转氨酶升高等，严重的可能出现肝衰竭，出现腹水、黄疸进行性加深等情况。肾脏损害： 同时肾脏也可能受到损害，出现尿量减少、蛋白尿、血尿等症状，影响肾脏的正常排泄功能。