3个月的宝宝呼吸有痰音，可能是以下原因引起：
1.喉部发育不完善：宝宝喉部呈漏斗形，喉腔相对狭小，声门裂相对狭窄，软骨柔软，黏膜柔嫩，血管及淋巴组织丰富，轻微炎症即可导致声嘶和吸气性呼吸困难。
2.呼吸道感染：宝宝上呼吸道感染后，喉部会出现炎症，分泌物增多，导致呼吸有痰音。
3.支气管炎：如果宝宝患有支气管炎，气管会分泌大量痰液，导致呼吸有痰音。
4.肺炎：肺炎是导致宝宝呼吸有痰音的常见原因之一，除了有痰音外，还可能伴有咳嗽、发热等症状。
5.其他：宝宝如果存在先天性喉喘鸣、喉软化等疾病，也会导致呼吸有痰音。
如果宝宝呼吸有痰音，建议及时就医，医生一般会进行详细的体格检查、血常规检查、胸部X线检查等，以明确原因，并给予相应的治疗。
此外，在日常生活中，家长可以采取以下措施来缓解宝宝的不适：
1.给宝宝多喂水，保持呼吸道湿润。
2.经常变换宝宝的体位，有助于痰液咳出。
3.轻拍宝宝的背部，促进痰液排出。
4.保持室内空气流通，温度和湿度适宜。
5.避免宝宝接触过敏原，如花粉、宠物毛发等。
需要注意的是，如果宝宝呼吸有痰音的症状持续加重，或出现其他异常症状，如呼吸急促、呼吸困难、发热等，应及时就医，以免延误病情。同时，家长应密切观察宝宝的情况，如有异常应及时告知医生。