3个月的宝宝呼吸有痰音，可能是以下原因引起：
1.喉部发育不完善：宝宝喉部呈漏斗形，喉腔相对狭小，声门裂相对狭窄，软骨柔软，黏膜柔嫩而富有血管及淋巴组织，轻微炎症即可导致声嘶和吸气性呼吸困难。
2.呼吸道感染：宝宝呼吸道感染后，呼吸道分泌物增多，痰液堆积在呼吸道内，可出现呼吸有痰音的情况。
3.先天性喉喘鸣：由于宝宝喉软骨发育不完善，吸气时负压增大，使会厌软骨两侧边缘向内卷曲接触，或杓会厌襞互相接近，喉腔变窄，空气通过时可发出喘鸣声。
4.其他：如气管或肺部炎症、异物吸入等，也可导致宝宝呼吸有痰音。
如果宝宝呼吸有痰音持续不缓解或伴有其他症状，如咳嗽、发热、喘息等，建议及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意保持宝宝呼吸道湿润，多喂水，有助于稀释痰液，促进排出。