3个月的宝宝呼吸有痰音，可能是以下原因引起：
1.喉部发育不完善：宝宝喉部呈漏斗形，喉腔相对狭小，声门裂相对狭窄，软骨柔软，黏膜柔嫩，血管及淋巴组织丰富，轻微炎症即可导致声嘶和吸气性呼吸困难。
2.呼吸道感染：宝宝上呼吸道感染后，喉部会出现炎症，分泌物增多，导致呼吸有痰音。
3.肺炎：肺炎是引起宝宝呼吸有痰音的常见原因之一，除了有痰音外，还可能伴有咳嗽、发热、呼吸急促等症状。
4.先天性喉喘鸣：是由于宝宝喉部软骨发育不完善所致，在吸气时，喉部会出现呼噜呼噜的声音，类似于有痰音。
5.其他：如气管异物、支气管哮喘等，也可能导致宝宝呼吸有痰音。
如果宝宝呼吸有痰音持续时间较长或伴有其他症状，建议及时就医，以便明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，家长应注意保持宝宝的呼吸道湿润，可以适当增加室内空气湿度，让宝宝多喝水。如果宝宝有咳嗽症状，可以轻拍其背部，帮助痰液咳出。此外，家长应避免带宝宝去人员密集的场所，以减少感染的机会。