咳嗽扁桃体炎通常可以使用抗生素类药物等进行治疗。一般来说，对于细菌感染引起的咳嗽扁桃体炎，常用青霉素类抗生素，如阿莫西林等。
一、抗生素类药物
青霉素类： 像阿莫西林，它对多种细菌有抑制作用，能帮助消除扁桃体的炎症，从而缓解咳嗽等症状。不过，使用前需要确认患者是否对青霉素过敏，如果有过敏史则不能使用。头孢菌素类： 例如头孢克洛，也是针对细菌感染的有效药物。但同样要注意过敏问题，而且这类药物也有不同的剂型，如胶囊、分散片等，可根据患者情况选择合适的剂型。
二、对症治疗药物
止咳药物： 如果咳嗽比较剧烈，影响休息等，可以使用一些止咳药。比如右美沙芬糖浆，它能抑制咳嗽中枢，起到止咳的作用。但儿童使用时要注意剂量，避免过量。解热镇痛药： 当扁桃体炎伴有发热、咽痛时，可使用对乙酰氨基酚。它能起到退热、缓解疼痛的效果。不过，3岁以下儿童使用时要格外谨慎，最好在医生指导下使用。
三、局部用药辅助
含漱液： 可以使用复方硼砂含漱液，它能清洁口腔、杀菌消炎，有助于减轻扁桃体炎引起的不适，同时也能缓解咳嗽相关的咽部不适情况。使用时按照说明书的方法进行含漱。含片： 像西瓜霜含片，含服后可以起到清咽利喉、减轻咽部炎症的作用，对于咳嗽扁桃体炎引起的咽部不适有一定的缓解作用。但要注意，儿童含服时需成人监护，防止误吞。