三个月宝宝眼圈发青，可能与以下因素有关。
1.遗传因素：如果父母或家族中有眼圈发青的人，宝宝可能会遗传这种特征。
2.皮肤薄嫩：宝宝的皮肤非常薄嫩，皮下血管透过皮肤呈现青色，尤其是眼周，会让眼圈看起来发青。
3.睡眠不足：宝宝睡眠不足、睡眠质量差或睡眠时间不规律，可能导致眼圈发青。
4.过敏：宝宝对某些食物、环境或物质过敏，可能引起过敏反应，导致眼圈发青。
5.营养不良：宝宝缺乏某些营养素，如维生素C、铁等，也可能影响皮肤和血管的健康，导致眼圈发青。
6.疾病：某些疾病，如贫血、呼吸道感染等，可能导致宝宝眼圈发青。
如果宝宝眼圈发青持续不消失或伴有其他症状，如哭闹、呕吐、腹泻等，建议及时就医，进行全面的身体检查，以确定具体原因。同时，家长应注意宝宝的睡眠质量，保持宝宝充足的睡眠时间和良好的睡眠环境。此外，注意宝宝的饮食均衡，及时添加辅食，确保宝宝摄入足够的营养物质。如果怀疑宝宝过敏，应避免接触过敏原，并咨询医生的建议。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果宝宝出现异常情况，建议及时咨询医生，以获得更专业的建议和治疗。