睡觉起来肩膀酸痛可能与以下原因有关：
1.睡眠姿势不良：如果睡觉时长期保持一个姿势，或者使用不合适的枕头，可能会导致肩膀部位的肌肉和关节受到压迫，引起酸痛不适。
2.肩周炎：肩周炎是一种常见的肩部疾病，主要表现为肩部疼痛和活动受限。睡觉时肩膀受到压迫，可能会加重炎症反应，导致疼痛和酸痛。
3.颈椎病：颈椎病也可能导致肩膀酸痛。当颈椎发生病变时，可能会压迫神经根，引起肩部疼痛和麻木。
4.肌肉劳损：如果平时肩部活动过多，或者进行了剧烈的运动，可能会导致肌肉劳损，引起酸痛不适。
5.其他原因：心脏疾病、肺部疾病、外伤等也可能导致肩膀酸痛。
如果睡觉起来肩膀酸痛持续不缓解，或者伴有其他症状，如手臂麻木、无力、呼吸困难等，应及时就医，进行相关检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。
在日常生活中，应注意保持良好的睡眠姿势，选择合适的枕头，避免过度劳累和长时间保持一个姿势。同时，可以通过热敷、按摩等方式缓解肩膀酸痛。如果疼痛严重，可以在医生的指导下使用非甾体抗炎药、镇痛药等缓解症状。