脑梗塞治疗根据病程不同选用药物也不同。超早期溶栓治疗，发病时间在4.5小时内，没有明显的溶栓禁忌症，可以静脉溶栓治疗，最好的溶栓药物是重组组织型纤溶酶原激活物。
如有溶栓禁忌症或错过时间窗，早期则以脑保护、促进侧枝循环生成治疗为主，较好的药物有丁苯肽，尤瑞克林。抗血小板治疗常用药物有阿司匹林，氯吡格雷，后者副作用较少，价格昂贵。
稳定动脉粥样硬化斑块，常用他汀类降脂药，阿托伐他汀，瑞舒伐他汀等。恢复期则以营养神经治疗康复治疗为主，对运动功能恢复较好的营养神经药物是神经节苷酯，对认知功能恢复较好的是奥拉西坦。
其他还有一些辅助用药，比如降低纤维蛋白原的巴曲酶，改善线粒体能量能量供应的艾地苯醌。