女性泌尿道感染主要是由细菌等病原体入侵泌尿系统引起的。比如，大约有80%的女性泌尿道感染是由大肠埃希菌导致的。
病原体入侵途径
上行感染： 这是最常见的途径，细菌从尿道口进入，沿着尿道上行到膀胱、输尿管甚至肾脏。比如女性的尿道短而直，长度约3 - 5厘米，这就使得细菌更容易上行。像不注意外阴清洁，大便后卫生纸从肛门往尿道方向擦拭，就容易把肛门周围的细菌带到尿道引发感染。血行感染： 身体其他部位的感染灶，比如皮肤感染、呼吸道感染等，细菌可通过血液循环到达泌尿系统引起感染。不过这种情况相对较少见，大概占泌尿道感染的3%左右。例如患有肺炎的患者，细菌可能通过血液传播到肾脏引发肾盂肾炎。
自身因素影响
生理结构特点： 女性的尿道靠近阴道和肛门，阴道和肛门周围有大量细菌定植，这增加了尿道被污染的机会。而且女性的尿道短、宽、直，细菌更容易侵入。另外，月经期间，女性生殖道局部的抵抗力会下降，也容易发生泌尿道感染，有研究显示，月经期间女性泌尿道感染的发生率比非经期高约20%。机体免疫力下降： 当女性机体抵抗力降低时，比如长期患有糖尿病、艾滋病等慢性疾病，或者长期使用免疫抑制剂，这时候泌尿系统抵御细菌的能力减弱，就容易发生感染。像糖尿病患者由于血糖高，有利于细菌生长繁殖，所以糖尿病女性泌尿道感染的发生率比正常人高2 - 3倍。
医源性因素
导尿或泌尿道器械检查： 进行导尿操作时，如果消毒不严格，或者留置导尿管时间过长，就容易将细菌引入尿道，引发泌尿道感染。一般来说，留置导尿管1天，泌尿道感染发生率约为5%，留置超过3天，发生率可高达90%以上。还有做膀胱镜检查等泌尿道器械检查时，也可能把细菌带入泌尿系统导致感染。尿道梗阻： 如泌尿系统结石、肿瘤等引起尿道梗阻，会导致尿液排出不畅，尿液在尿道内停留时间延长，有利于细菌生长繁殖，从而引发泌尿道感染。比如有尿道结石的女性，结石堵塞尿道，尿液引流不畅，就容易反复发生泌尿道感染。