月经干净两天后同房是否会怀孕，不能一概而论，需要根据个人的月经周期、经期长短以及月经是否规律等因素来判断。
一般来说，排卵发生在下次月经来潮前14天左右，排卵前后4-5天为易孕期，其他时间则为安全期。但安全期并非绝对安全，因为排卵可能受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而提前或推迟，甚至可能发生额外排卵。
对于月经周期规律的女性（28天左右），月经干净两天时可能还处于安全期，怀孕的几率较低。但如果月经周期较短（小于28天）或经期较长（大于7天），则月经干净两天时可能已经接近排卵期，怀孕的几率就会相应增加。
此外，精子在女性体内可存活2-3天，即使卵子没有受精，精子也可能在等待卵子的过程中使女性受孕。
需要注意的是，安全期避孕法并不可靠，因为排卵时间的不确定性可能导致意外怀孕。如果没有怀孕计划，建议采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药、宫内节育器等。
对于月经不规律的女性，排卵时间难以预测，更应该采取有效的避孕措施。如果对避孕或怀孕问题有任何疑虑，建议咨询医生或计划生育专业人员，以获取更准确和个性化的建议。
总之，虽然月经干净两天后同房怀孕的几率较低，但仍有怀孕的可能。为了避免意外怀孕，建议根据个人情况选择合适的避孕方法，并注意正确使用。同时，保持良好的生活习惯和健康的心态，有助于维持月经的规律和身体健康。