月经干净两天后同房是否会怀孕，取决于女性的月经周期、经期长短以及排卵时间。一般来说，月经刚干净时处于安全期，怀孕的几率较小，但仍有怀孕的可能。
女性的排卵日期一般在下次月经来潮前的14天左右。卵子自卵巢排出后在输卵管内能生存1～2天，以等待受精；男子的精子在女子的生殖道内可维持2～3天受精能力，故在卵子排出的前后几天里性交容易受孕。为了保险起见，我们将排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。除了月经期和排卵期，其余的时间均为安全期。
如果女性的月经周期较短，经期较长，那么月经干净后可能已经进入排卵期，此时同房就有可能怀孕。此外，精子在女性体内可存活3天左右，若月经刚干净就同房，且在3天内排卵，也可能怀孕。
需要注意的是，安全期避孕法并不可靠，因为排卵时间可能受到情绪、环境等因素的影响而发生改变。如果没有怀孕计划，建议采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。如果出现月经推迟等情况，应及时进行验孕检查，以确定是否怀孕。
总之，虽然月经干净两天后同房怀孕的几率较小，但仍有怀孕的可能。如果对避孕或怀孕有任何疑问，建议咨询医生或专业人士。