体温35.9°C并伴有头疼，可能是由以下原因引起：
1.正常的生理现象：有些人的基础体温可能偏低，尤其是在寒冷环境下或长时间处于低代谢状态时，可能会出现体温35.9°C并伴有头疼。此外，头疼也可能与其他因素有关，如压力、睡眠不足、饮食不当等。
2.感染：病毒、细菌等感染可能导致体温升高和头疼。如果头疼伴有其他感染症状，如流涕、咳嗽、喉咙痛等，可能是感染引起的。
3.神经系统问题：某些神经系统问题，如偏头痛、紧张性头痛等，可能导致头疼。体温35.9°C本身可能与这些头痛问题无关。
4.药物副作用：某些药物可能导致体温下降和头疼。如果正在服用药物，尤其是退烧药或其他治疗特定疾病的药物，可能是药物的副作用引起的。
5.其他健康问题：其他健康问题，如低血糖、贫血、甲状腺功能减退等，也可能导致体温偏低和头疼。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要根据个人的详细病史、症状、体征以及进一步的检查来确定。如果头疼持续不缓解或伴有其他严重症状，如恶心、呕吐、意识不清等，应及时就医，以便进行准确的诊断和治疗。
此外，保持良好的生活习惯，如充足的睡眠、健康的饮食、适度的运动等，有助于维持身体健康和预防头疼等问题的发生。如果对体温偏低或头疼有疑虑，建议咨询医生或专业医疗人员的建议。