当出现不明原因的蛋白尿（尿中蛋白质含量异常增多）、血尿（尿液中红细胞异常增多），且经过初步检查病因不明确时，可能需要做肾穿。另外，急进性肾炎综合征、肾病综合征等情况也可能需要进行肾穿刺活检以明确病理类型，指导治疗。
一、不明原因蛋白尿
若患者尿常规检查发现蛋白尿，但经过常规检查如血液生化、泌尿系统超声等仍不能明确病因，此时肾穿有助于明确肾脏病变是原发性还是继发性等情况，从而为后续治疗提供依据。比如一些患者长期出现少量蛋白尿，经过多种常规检查找不到原因，肾穿就可能是进一步明确诊断的关键。
二、不明原因血尿
对于持续存在血尿，且不能通过常见的泌尿系统感染、结石等因素解释时，肾穿可以帮助判断血尿是来自肾小球源性还是非肾小球源性等，对明确肾脏疾病的性质有重要意义。例如有些患者反复出现肉眼血尿或镜下血尿，经过泌尿系统其他检查未发现明显异常，肾穿就可能揭示肾脏本身的病变情况。
三、急进性肾炎综合征
当患者出现急进性肾炎综合征表现，即短期内出现少尿或无尿、肾功能急剧恶化等情况时，肾穿能够快速明确病理类型，因为不同的病理类型治疗方案差异较大，通过肾穿可以针对性地制定治疗措施，比如是新月体性肾炎等情况，肾穿能助于精准施治。
四、肾病综合征
肾病综合征患者表现为大量蛋白尿（24小时尿蛋白定量大于3.5g）、低蛋白血症等，当病因不明确时，肾穿可以明确肾脏病理改变的类型，像微小病变型肾病、膜性肾病等不同病理类型，治疗和预后有所不同，肾穿能为制定合理的治疗方案提供重要依据。
儿童进行肾穿时需特别谨慎，要充分评估风险与获益，由专业医生根据具体病情严格把握指征；老年患者做肾穿也需要综合考虑其身体一般状况、基础疾病等情况，确保操作安全；女性患者进行肾穿时要注意避开月经期等特殊时期，减少不必要的风险。