跑步时小腿肌肉疼痛，可能是由以下原因引起：
1.准备活动不充分：如果在跑步前没有进行充分的热身，小腿肌肉没有得到充分的拉伸和激活，就容易在跑步过程中出现疼痛。
2.肌肉疲劳：长时间或高强度的跑步会导致小腿肌肉疲劳，产生酸痛感。
3.肌肉拉伤：跑步时如果姿势不正确或突然加大跑步强度，可能会导致小腿肌肉拉伤，引起疼痛和肿胀。
4.缺乏运动：如果平时缺乏运动，突然进行跑步等高强度运动，小腿肌肉可能无法适应，从而引起疼痛。
5.鞋子不合适：不合适的跑鞋可能会影响跑步时的脚步落地方式，增加小腿肌肉的负担，导致疼痛。
6.地面不平整：在不平整的地面上跑步，如石子路、水泥路等，也会增加小腿肌肉受伤的风险。
7.其他因素：营养不良、缺乏维生素D、身体疾病等也可能导致小腿肌肉疼痛。
如果疼痛不严重，可以采取以下措施缓解：
1.休息：停止跑步，让小腿肌肉得到充分的休息。
2.拉伸：对小腿肌肉进行拉伸，帮助放松肌肉。
3.按摩：用手轻轻按摩小腿肌肉，缓解肌肉紧张。
4.热敷：用热毛巾或热水袋热敷小腿肌肉，促进血液循环。
5.药物治疗：可以在医生的指导下使用止痛药物。
如果疼痛持续时间较长、程度较严重，或伴有其他症状，如肿胀、麻木、无力等，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定病因，并采取相应的治疗措施。同时，在跑步前要做好充分的准备活动，选择合适的跑鞋和跑步场地，控制跑步强度和时间，避免过度疲劳。如果有身体疾病，应在医生的指导下进行运动。